Professor e historiador de reconhecida autoridade e reputação internacional, o seu legado intelectual permitiu não só aumentar substancialmente o nosso conhecimento sobre um vasto campo de pesquisa histórica, como foi um modelo inspirador para as novas gerações de investigadores e os diferentes públicos.

A sua colaboração com a Fundação Calouste Gulbenkian, traduzida em diversas parcerias de apoio à investigação e divulgação científica, intensificou-se a partir de 2007, ano em que a Fundação lhe confiou a direção de um projeto de levantamento patrimonial em larga escala: o inventário sistemático de Património histórico de origem portuguesa no mundo. Arquitetura e urbanismo. O trabalho extensivo realizado sob a sua direção, ao longo de vários anos, resultou na publicação de oito volumes em português e inglês, entre 2010 e 2012 (África, Mar Vermelho e Golfo Pérsico; Ásia e Oceania; América do Sul. Índices), bem como na criação de um portal digital onde os textos foram vertidos em acesso aberto, de modo a serem instrumento de referência para todos os que se dedicam ao estudo e preservação de uma herança comum.

Recordando as palavras de José Mattoso: «Torna-se cada vez mais evidente que o conhecimento objetivo das culturas alheias é da maior importância para a convivência pacífica entre os povos […] O levantamento dos vestígios materiais do encontro de culturas é, pois, uma contribuição importante, quer para a reconstituição do processo que dele depende, quer para a avaliação dos seus resultados na época atual; ou seja, tanto para a história desses encontros ou desencontros, como para a compreensão das culturas nacionais que deles resultaram. Esta recolha deve, tanto quanto possível, ser sistemática, isto é, completa e categorizável».

A sua direção, articulando vários grupos de trabalho coordenados por discípulos seus docentes em diferentes universidades e um número assinalável de contributos de investigadores de outros países, assegurou que o levantamento fosse realizado com qualidade, rigor e isenção, e de forma dialógica, superando as naturais divergências e problemas metodológicos com que o grupo se foi confrontando.

A Fundação Calouste Gulbenkian expressa o seu pesar pela morte desta figura ímpar da Cultura Portuguesa.