Imagiologia Avançada

A Unidade de Imagiologia Avançada do IGC oferece serviços de microscopia óptica / bioimagem de última geração, com 16 sistemas de confocal/2-fotões, micª de alto-débito, super-res e mesoscopia (folha-de-luz e OPT). Os serviços incluem preparação de amostras, treino em instrumentação e análise de bioimagem (com estações de trabalho e software comercial e gratuito). A AIU é de acesso aberto e serve o IGC, a academia e empresas.

Localização: Ala Bartolomeu Dias
Contactos: +351 214 464 539 @: [email protected]

Os utilizadores da AIU devem seguir os termos de “Uso geral das instalações do IGC” que podem ser consultados aqui (requer login no Agendo).

O “código de conduta” do IGC também contém informações relevantes sobre a conduta esperada no laboratório.

Como evitar uso negligente da AIU?

Qualquer uso negligente deve ser relatado (pelos utilizadores e funcionários) ao coordenador da unidade, que avaliará se o utilizador deve ver negado o uso futuro. O Agendo permite relatar “incidentes” e deve ser utilizado sempre que tais problemas são detectados. Exemplos do que pode ser considerado uso negligente:

Esquecer de desligar os instrumentos ou componentes críticos, como lâmpadas fluorescentes e lasers, quando ninguém mais estiver agendado (verifique o calendário ou pergunte à equipa antes de sair),
Não limpar ou não relatar à equipa ópticas suja ou mau funcionamento do instrumento
Chegar atrasado repetidamente, não comparecer para sessões reservadas sem fornecer uma explicação; uso de equipamentos sem, ou ultrapassando, o horário reservado e sem informar a equipa.
Reservar repetidamente sessões em nome de outros utilizadores.
Tentativa de uso do sistema sem treino prévio ou autorização da equipa.
Tentar alterar as características ou funcionalidade dos instrumentos, ou suas peças, sem treino prévio ou sem consentimento da equipa (por exemplo, remover/substituir objetivas).
Instalar qualquer software ou conectar discos externos/pendrives às estações de trabalho
Fazer uso das estações de trabalho e acesso à Internet para outros fins que não a verificação de protocolos, reserva do sistema, aquisição, processamento/análise e transferência de dados de imagem.
Falsificação de resultados de bioimagem ou deturpação intencional de dados de bioimagem.

O que pode constituir uma contribuição intelectual do pessoal da AIU?

Permitir o acesso a equipamentos, treino e fornecimento de consumíveis, por si só, NÃO garantem co-autoria em publicações de qualquer membro da equipa da unidade.

O ajuda da equipa com aquisição de imagens (imagem “em bruto”, sem pré-processamento), a abertura e conversão para outros formatos genéricos de arquivo, procedimentos básicos de análise (por exemplo, aumento de contraste, medições 2D, segmentação básica e análise básica de partículas) também NÃO constituem uma contribuição significativa que justifique a co-autoria em publicações. Ajuda com desconvolução e outras formas básicas de restauração ou pré-processamento de dados (por exemplo, limpeza de ruído, linearização ou remoção de fundo) também NÃO são consideradas contribuições intelectuais significativas.

As seguintes podem constituir uma contribuição intelectual e portanto devem ser discutidos (a priori ou posteriori) com o coordenador da Unidade e o membro da equipa que fornece(eu) ajuda:

Implementação de protocolos novos (incomuns/não testados) para preparação de amostras, aquisição de imagens, e processamento e/ou a sua análise.
Construção personalizada de hardware ou software (“Desenvolvimento Técnico”)
Obtenção de uma quantidade substancial das imagens utilizadas em publicações (ou outras comunicações).
Métodos mais complexos de melhoramento ou pré-processamento de imagens, segmentação ou rastreamento (”tracking”) de células em 3D/4D, e medições complexas (por exemplo, outras que não as disponíveis na "particle analysis" ou "set measurements" do ImageJ/FIJI)
Preparação de figuras ou texto em manuscritos (mesmo que posteriormente sejam alterados pelos autores) - por favor, seguir também as sugestões de “Materiais & Métodos” disponíveis no manual de cada instrumento.
Preparação de macros/scripts de automatização complexos para processamento e/ou análise
Realização de testes estatísticos em dados derivados de bioimagens.
Preparação de renderizações 3D complexas e animações/ilustrações.
Processamento, segmentação e análise de grandes volumes de dados.
Implementação de ferramentas inexistentes e pouco comuns, e para as quais a equipa não tenha expertise ainda.

Nesses casos, a equipa deve ser consultada antes (ou durante) a preparação de publicações para garantir que os métodos/resultados são reportados adequadamente. Quando a co-autoria é reconhecida, o autor principal deve obter o acordo prévio do membro da equipa da AIU sobre a sua contribuição e dar-lhe permissão para rever e editar o manuscrito que será submetido a publicação. Sempre que considerado necessário, o “comitê de utilizadores” da AIU será consultado para dar assistência na avaliação da importância de possíveis contribuições intelectuais.

O pagamento dos serviços é sempre devido, mesmo quando a co-autoria é justificada.

Reconhecer a AIU em publicações?

Solicita-se a todos os utilizadores da AIU que reconheçam o apoio do AIU nas suas publicações e comunicações envolvendo qualquer um de nossos instrumentos e serviços, a fim de garantir o financiamento futuro da unidade. Existe um reconhecimento específico para cada instrumento, portanto consulte o SOP/guia do utilizador apropriado. Em todos os casos, deve incluir pelo menos o seguinte: “Agradecemos o apoio do Advanced Imaging Unit (AIU) do IGC, especialmente [inserir nome do(s) funcionário(s) que ajudaram], financiado pelo PPBI-POCI-01-0145- FEDER-022122 (Lisboa 2020/FEDER/FCT; Portugal).”

EQUIPAMENTO

Confocais Leica spin.disk alta-velocidade

Confocais 3i Marianas-2BSL spin.disk + TIRF

Campo-largo (“widefield”) e super-resolução Nikon HTM-HCS

Campo-largo (“widefield”) e super-resolução Zeiss Imager2/Apotome2

Campo-largo (“widefield”) e super-resolução Estação-Macro (Zeiss LUMAR + Aequoria)

Campo-largo (“widefield”) e super-resolução Deltavision OMX SIM-SR

Campo-largo (“widefield”) e super-resolução ONI Nanoimager

SERVIÇOS & TÉCNICAS

Design experimental; coloração de células e tecidos; preparação de amostras e transparentização de tecidos.

Diagnóstico, reparação e construção de sistemas óticos.

Dependendo da disponibilidade do staff e dimensão do projeto.

ImageJ, QuPath; Imaris, Huygens, Amira e outros - contacte para mais informações.

Varrimento a laser e disco giratório; Airyscan, Lightning e SORA disponíveis.

Intravital, SHG.

Multiposição; mosaicos e montagem; filmagem ao vivo; placas de Petri.

Até 8 em série.

Filmagem de embriões ou organóides in vivo; aquisição de imagens volumétricas 3D de amostras meso e macro transparentizadas, por folha-de-luz (fluorescentes) ou OPT (fluorescentes ou sem marcação).