Os utilizadores da AIU devem seguir os termos de “Uso geral das instalações do IGC” que podem ser consultados aqui (requer login no Agendo).

O “código de conduta” do IGC também contém informações relevantes sobre a conduta esperada no laboratório.

Como evitar uso negligente da AIU?

Qualquer uso negligente deve ser relatado (pelos utilizadores e funcionários) ao coordenador da unidade, que avaliará se o utilizador deve ver negado o uso futuro. O Agendo permite relatar “incidentes” e deve ser utilizado sempre que tais problemas são detectados. Exemplos do que pode ser considerado uso negligente:

• Esquecer de desligar os instrumentos ou componentes críticos, como lâmpadas fluorescentes e lasers, quando ninguém mais estiver agendado (verifique o calendário ou pergunte à equipa antes de sair),
• Não limpar ou não relatar à equipa ópticas suja ou mau funcionamento do instrumento
• Chegar atrasado repetidamente, não comparecer para sessões reservadas sem fornecer uma explicação; uso de equipamentos sem, ou ultrapassando, o horário reservado e sem informar a equipa.
• Reservar repetidamente sessões em nome de outros utilizadores.
• Tentativa de uso do sistema sem treino prévio ou autorização da equipa.
• Tentar alterar as características ou funcionalidade dos instrumentos, ou suas peças, sem treino prévio ou sem consentimento da equipa (por exemplo, remover/substituir objetivas).
• Instalar qualquer software ou conectar discos externos/pendrives às estações de trabalho
• Fazer uso das estações de trabalho e acesso à Internet para outros fins que não a verificação de protocolos, reserva do sistema, aquisição, processamento/análise e transferência de dados de imagem.
• Falsificação de resultados de bioimagem ou deturpação intencional de dados de bioimagem.

O que pode constituir uma contribuição intelectual do pessoal da AIU?

Permitir o acesso a equipamentos, treino e fornecimento de consumíveis, por si só, NÃO garantem co-autoria em publicações de qualquer membro da equipa da unidade.

O ajuda da equipa com aquisição de imagens (imagem “em bruto”, sem pré-processamento), a abertura e conversão para outros formatos genéricos de arquivo, procedimentos básicos de análise (por exemplo, aumento de contraste, medições 2D, segmentação básica e análise básica de partículas) também NÃO constituem uma contribuição significativa que justifique a co-autoria em publicações. Ajuda com desconvolução e outras formas básicas de restauração ou pré-processamento de dados (por exemplo, limpeza de ruído, linearização ou remoção de fundo) também NÃO são consideradas contribuições intelectuais significativas.

As seguintes podem constituir uma contribuição intelectual e portanto devem ser discutidos (a priori ou posteriori) com o coordenador da Unidade e o membro da equipa que fornece(eu) ajuda:

• Implementação de protocolos novos (incomuns/não testados) para preparação de amostras, aquisição de imagens, e processamento e/ou a sua análise.
• Construção personalizada de hardware ou software (“Desenvolvimento Técnico”)
• Obtenção de uma quantidade substancial das imagens utilizadas em publicações (ou outras comunicações).
• Métodos mais complexos de melhoramento ou pré-processamento de imagens, segmentação ou rastreamento (”tracking”) de células em 3D/4D, e medições complexas (por exemplo, outras que não as disponíveis na "particle analysis" ou "set measurements" do ImageJ/FIJI)
• Preparação de figuras ou texto em manuscritos (mesmo que posteriormente sejam alterados pelos autores) - por favor, seguir também as sugestões de “Materiais & Métodos” disponíveis no manual de cada instrumento.
• Preparação de macros/scripts de automatização complexos para processamento e/ou análise
• Realização de testes estatísticos em dados derivados de bioimagens.
• Preparação de renderizações 3D complexas e animações/ilustrações.
• Processamento, segmentação e análise de grandes volumes de dados.
• Implementação de ferramentas inexistentes e pouco comuns, e para as quais a equipa não tenha expertise ainda.

Nesses casos, a equipa deve ser consultada antes (ou durante) a preparação de publicações para garantir que os métodos/resultados são reportados adequadamente. Quando a co-autoria é reconhecida, o autor principal deve obter o acordo prévio do membro da equipa da AIU sobre a sua contribuição e dar-lhe permissão para rever e editar o manuscrito que será submetido a publicação. Sempre que considerado necessário, o “comitê de utilizadores” da AIU será consultado para dar assistência na avaliação da importância de possíveis contribuições intelectuais.

O pagamento dos serviços é sempre devido, mesmo quando a co-autoria é justificada.

Reconhecer a AIU em publicações?

Solicita-se a todos os utilizadores da AIU que reconheçam o apoio do AIU nas suas publicações e comunicações envolvendo qualquer um de nossos instrumentos e serviços, a fim de garantir o financiamento futuro da unidade. Existe um reconhecimento específico para cada instrumento, portanto consulte o SOP/guia do utilizador apropriado. Em todos os casos, deve incluir pelo menos o seguinte: “Agradecemos o apoio do Advanced Imaging Unit (AIU) do IGC, especialmente [inserir nome do(s) funcionário(s) que ajudaram], financiado pelo PPBI-POCI-01-0145- FEDER-022122 (Lisboa 2020/FEDER/FCT; Portugal).”

Design experimental; coloração de células e tecidos; preparação de amostras e transparentização de tecidos.

Diagnóstico, reparação e construção de sistemas óticos.

Dependendo da disponibilidade do staff e dimensão do projeto.

ImageJ, QuPath; Imaris, Huygens, Amira e outros - contacte para mais informações.

Varrimento a laser e disco giratório; Airyscan, Lightning e SORA disponíveis.

Intravital, SHG.

Multiposição; mosaicos e montagem; filmagem ao vivo; placas de Petri.

Até 8 em série.

Filmagem de embriões ou organóides in vivo; aquisição de imagens volumétricas 3D de amostras meso e macro transparentizadas, por folha-de-luz (fluorescentes) ou OPT (fluorescentes ou sem marcação).

SIM-SR e Apotome.

STORM/PALM/TIRF

Para CLEM, consulte EMF. 

Ablação, FRAP, FLIP, FRET(AB/SE).

Referência do projeto: PTDC/BII-BTI/32375/2017
Código do projeto: 02/SAICT/2017
Objetivo principal: OT 1 – Reforçar a investigação, o desenvolvimento tecnológico e a inovação
Localização do projeto (NUTS II): Lisboa (100%)
Entidade Beneficiária:
Fundação Calouste Gulbenkian - Instituto Gulbenkian de Ciência

Data de aprovação: 23-03-2018
Data de início: 01-10-2018
Data de conclusão: 30-09-2021
Custo total elegível: 238.854,56 EUR
Apoio financeiro publico nacional (orçamento de estado): 238.854,56 EUR

Descrição do projeto:

A microTomografia Óptica (OPT) é uma técnica pouco explorada em pesquisa biomédica. A OPT fornece imagens 3D isométricas de amostras grandes que não podem ser visualizadas por microscopia confocal, 2-fotões ou até folha-de-luz. O OPT foi fundamental para a criação das modernas bases de dados de desenvolvimento de vertebrados e, por exemplo, nos esforços do "International Mouse Phenotyping Consortium" para caracterizar fenotipicamente milhares de linhas de ratos knockout, sendo a ferramenta ideal, quer em termos de qualidade de imagem quer de rendimento (Ruparelia etal2014; Dickinson etal2016). Introduzimos o primeiro scanner OPT totalmente aberto, integrado como parte da plataforma OpenSpin que opera sistemas light-sheet (LSM) e OPT (Gualda et al 2013). OPenT é um spinoff do OpenSpin, já com +4 publicações (Ruparelia et al2014; Gualda et al2014; Zeng et al2015; Felix et al2016), 2 bases anatómicas on-line, 1 prémio internacional e 13 laboratórios internacionais que pediram suporte para construir aas suas próprias versões. Propomos a integração de LSM+OPT num mesoscópio multimodal de alta capacidade, a funcionar na Unidade de Imagem Avançada do IGC, que exploraremos para caraterizar embriões mutantes de murganhos e larvas de Danio, dois importantes modelos experimentais de doença humana. Esta técnica irá acelerar a descoberta, proporcionando acesso simplificado e totalmente aberto para experiências complexas de imagem 3D a órgãos ou organismos inteiros, a laboratórios que de outra forma não dispõem do financiamento ou infraestrutura necessários.

O prazo de execução do projeto OPenT foi prolongado até 30 de setembro de 2022.

FINANCIAMENTO

Página da AIF com detalhes técnicos, guias de procedimentos, manuais e controlo de qualidade

PPBI

EuroBioimaging

Microscopy Primer (conceitos básicos de microscopia)

COLife & friends - Webinars 2021 sobre Imagiologia

FPbase (espectros de fluorescência)

(fluorescência) Spectraviewer

Huygens Imaging Academy

FIJI (ImageJ) download

Biii.org (recursos de análise de bioimagem)

Sea4Bia (scripts/macros dos laboratórios PPBI)

NEUBIAS Academy @Home (tutoriais de análise de bioimagem)

Confocal-list (forum)

Microforum

Image.Sc (forum)