Imagiologia Avançada

A Unidade de Imagiologia Avançada do IGC oferece serviços de microscopia óptica / bioimagem de última geração, com 16 sistemas de confocal/2-fotões, micª de alto-débito, super-res e mesoscopia (folha-de-luz e OPT). Os serviços incluem preparação de amostras, treino em instrumentação e análise de bioimagem (com estações de trabalho e software comercial e gratuito). A AIU é de acesso aberto e serve o IGC, a academia e empresas. 

Localização: Ala Bartolomeu Dias
Contactos: +351 214 464 539 @: [email protected]

 

Os utilizadores da AIU devem seguir os termos de “Uso geral das instalações do IGC” que podem ser consultados aqui (requer login no Agendo).

O “código de conduta” do IGC também contém informações relevantes sobre a conduta esperada no laboratório.


Como evitar uso negligente da AIU?

Qualquer uso negligente deve ser relatado (pelos utilizadores e funcionários) ao coordenador da unidade, que avaliará se o utilizador deve ver negado o uso futuro. O Agendo permite relatar “incidentes” e deve ser utilizado sempre que tais problemas são detectados. Exemplos do que pode ser considerado uso negligente:

  • Esquecer de desligar os instrumentos ou componentes críticos, como lâmpadas fluorescentes e lasers, quando ninguém mais estiver agendado (verifique o calendário ou pergunte à equipa antes de sair),
  • Não limpar ou não relatar à equipa ópticas suja ou mau funcionamento do instrumento
  • Chegar atrasado repetidamente, não comparecer para sessões reservadas sem fornecer uma explicação; uso de equipamentos sem, ou ultrapassando, o horário reservado e sem informar a equipa.
  • Reservar repetidamente sessões em nome de outros utilizadores.
  • Tentativa de uso do sistema sem treino prévio ou autorização da equipa.
  • Tentar alterar as características ou funcionalidade dos instrumentos, ou suas peças, sem treino prévio ou sem consentimento da equipa (por exemplo, remover/substituir objetivas).
  • Instalar qualquer software ou conectar discos externos/pendrives às estações de trabalho
  • Fazer uso das estações de trabalho e acesso à Internet para outros fins que não a verificação de protocolos, reserva do sistema, aquisição, processamento/análise e transferência de dados de imagem.
  • Falsificação de resultados de bioimagem ou deturpação intencional de dados de bioimagem.


O que pode constituir uma contribuição intelectual do pessoal da AIU?

Permitir o acesso a equipamentos, treino e fornecimento de consumíveis, por si só, NÃO garantem co-autoria em publicações de qualquer membro da equipa da unidade.

O ajuda da equipa com aquisição de imagens (imagem “em bruto”, sem pré-processamento), a abertura e conversão para outros formatos genéricos de arquivo, procedimentos básicos de análise (por exemplo, aumento de contraste, medições 2D, segmentação básica e análise básica de partículas) também NÃO constituem uma contribuição significativa que justifique a co-autoria em publicações. Ajuda com desconvolução e outras formas básicas de restauração ou pré-processamento de dados (por exemplo, limpeza de ruído, linearização ou remoção de fundo) também NÃO são consideradas contribuições intelectuais significativas.

As seguintes podem constituir uma contribuição intelectual e portanto devem ser discutidos (a priori ou posteriori) com o coordenador da Unidade e o membro da equipa que fornece(eu) ajuda:

  • Implementação de protocolos novos (incomuns/não testados) para preparação de amostras, aquisição de imagens, e processamento e/ou a sua análise.
  • Construção personalizada de hardware ou software (“Desenvolvimento Técnico”)
  • Obtenção de uma quantidade substancial das imagens utilizadas em publicações (ou outras comunicações).
  • Métodos mais complexos de melhoramento ou pré-processamento de imagens, segmentação ou rastreamento (”tracking”) de células em 3D/4D, e medições complexas (por exemplo, outras que não as disponíveis na "particle analysis" ou "set measurements" do ImageJ/FIJI)
  • Preparação de figuras ou texto em manuscritos (mesmo que posteriormente sejam alterados pelos autores) - por favor, seguir também as sugestões de “Materiais & Métodos” disponíveis no manual de cada instrumento.
  • Preparação de macros/scripts de automatização complexos para processamento e/ou análise
  • Realização de testes estatísticos em dados derivados de bioimagens.
  • Preparação de renderizações 3D complexas e animações/ilustrações.
  • Processamento, segmentação e análise de grandes volumes de dados.
  • Implementação de ferramentas inexistentes e pouco comuns, e para as quais a equipa não tenha expertise ainda.

Nesses casos, a equipa deve ser consultada antes (ou durante) a preparação de publicações para garantir que os métodos/resultados são reportados adequadamente. Quando a co-autoria é reconhecida, o autor principal deve obter o acordo prévio do membro da equipa da AIU sobre a sua contribuição e dar-lhe permissão para rever e editar o manuscrito que será submetido a publicação. Sempre que considerado necessário, o “comitê de utilizadores” da AIU será consultado para dar assistência na avaliação da importância de possíveis contribuições intelectuais.

O pagamento dos serviços é sempre devido, mesmo quando a co-autoria é justificada.

Reconhecer a AIU em publicações?

Solicita-se a todos os utilizadores da AIU que reconheçam o apoio do AIU nas suas publicações e comunicações envolvendo qualquer um de nossos instrumentos e serviços, a fim de garantir o financiamento futuro da unidade. Existe um reconhecimento específico para cada instrumento, portanto consulte o SOP/guia do utilizador apropriado. Em todos os casos, deve incluir pelo menos o seguinte: “Agradecemos o apoio do Advanced Imaging Unit (AIU) do IGC, especialmente [inserir nome do(s) funcionário(s) que ajudaram], financiado pelo PPBI-POCI-01-0145- FEDER-022122 (Lisboa 2020/FEDER/FCT; Portugal).”


EQUIPAMENTO

Confocais Zeiss LSM980/Airyscan2
Confocais Leica Stellaris5 c/ Lightning
Confocais Multi-fotão Prairie
Confocais 3i Marianas spin.disk
Confocais Leica spin.disk alta-velocidade
Confocais 3i Marianas-2BSL spin.disk + TIRF
Confocais Andor Dragonfly spin.disk
Confocais Andor W1 spin.disk
Campo-largo (“widefield”) e super-resolução Nikon HTM-HCS
Campo-largo (“widefield”) e super-resolução Zeiss Imager2/Apotome2
Campo-largo (“widefield”) e super-resolução Estação-Macro (Zeiss LUMAR + Aequoria)
Campo-largo (“widefield”) e super-resolução Deltavision OMX SIM-SR
Campo-largo (“widefield”) e super-resolução ONI Nanoimager
Mesoscopia Zeiss Z.1 LSM “folha-de-luz”
Mesoscopia Mesoscópio - protótipo

SERVIÇOS & TÉCNICAS

Design experimental; coloração de células e tecidos; preparação de amostras e transparentização de tecidos.

Diagnóstico, reparação e construção de sistemas óticos.

Dependendo da disponibilidade do staff e dimensão do projeto.

ImageJ, QuPath; Imaris, Huygens, Amira e outros - contacte para mais informações.

Varrimento a laser e disco giratório; Airyscan, Lightning e SORA disponíveis.

Intravital, SHG.

Multiposição; mosaicos e montagem; filmagem ao vivo; placas de Petri.

Até 8 em série.

Filmagem de embriões ou organóides in vivo; aquisição de imagens volumétricas 3D de amostras meso e macro transparentizadas, por folha-de-luz (fluorescentes) ou OPT (fluorescentes ou sem marcação).

SIM-SR e Apotome.

STORM/PALM/TIRF

Para CLEM, consulte EMF. 

Ablação, FRAP, FLIP, FRET(AB/SE).


RECURSOS ÚTEIS 

Microscopy Primer (conceitos básicos de microscopia)

COLife & friends - Webinars 2021 sobre Imagiologia

FPbase (espectros de fluorescência)

(fluorescência) Spectraviewer

Huygens Imaging Academy

FIJI (ImageJ) download

Biii.org (recursos de análise de bioimagem)

Sea4Bia (scripts/macros dos laboratórios PPBI)

NEUBIAS Academy @Home (tutoriais de análise de bioimagem)

Confocal-list (forum)

Microforum

Image.Sc (forum)

 


EQUIPA


PUBLICAÇÕES

Ver artigos científicos aqui.


MEDIA


Financiamento    

                      

Parceiros

                   

 

                       

Atualização em 18 maio 2022

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