Genómica
A Unidade de Genómica oferece sequenciação Illumina (NexSeq 2000 e Illumina MiSeq) e sequenciação de fragmentos longos por Nanopore, preparação de bibliotecas e serviços de QC de amostras por Fragment analyser e ou TapeStation. A unidade oferece os seguintes serviços: RNA-Seq, Sequenciação do Genoma Total, 2D Transcriptómica e Metagenómica (rRNA 16S bacteriano, ITS). Para sequenciação de “single cell”, a unidade opera um 10X Genomics Chromium Controller e o novo Chromium X para reações de alto rendimento. Estamos equipados com a mais recente tecnologia de manuseio de líquidos (Biomek i7, Hamilton Starlet e Formulatrix Mantis).
Localização: Ala Marco Polo
Contactos: +351 214407975 @: [email protected]
EQUIPAMENTO
SERVIÇOS
Preparamos a biblioteca de RNA-seq, com várias opções, como ribodepletion (bacteriana e eucariótica), enriquecimento poli-A, bibliotecas 3'-Tag-Seq (QuantSeq) Todas as bibliotecas são construídas para recuperar o transcrito completo, exceto para QuantSeq (sequenciação de extremidade 3'). Para single cell RNA-Seq , consulte a secção single cell.
A sequenciação é realizada Single End (SE) 100bp, SE 200 (100+100) e SE300 (150+150). O SE50 está disponível sob consulta.
Os protocolos SMART-SEQ2 que temos disponíveis permitem produzir bibliotecas de RNA-Seq a partir de quantidades muito limitadas de material inicial (5ng de RNA total de alta qualidade até células individuais). As leituras cobrem completamente o transcripto e podem ser usadas para detectar splicing alternativo, além da expressão diferencial.
Características principais:
Requisitos:
Baseado na implementação de um protocolo Nextera para volumes pequenos que usam a transposase Tn5 para construção de bibliotecas.
Características principais:
Requisitos:
A sequenciação por nanopore é conseguida com os sistemas Oxford Nanopore Technologies (ONT) e permite o sequenciamento de leitura longas a partir de amostras de DNA e RNA. Oferecemos a preparação e sequenciação de bibliotecas em MinION (PromethION P2 em breve), com “flow cells” MinION ou Flongle.
Características principais:
Requisitos:
Oferecemos o serviço 10X Genomics Visium Spatial Transcriptomics em parceria com a Histopathology Unit. Esta técnica permite o mapeamento da expressão de em seções de tecido, juntamente com coloração de H&E ou IF. Existem as opções FFPE (somente humanos e ratinhos) ou “fresh-frozen”. Uma atualização da técnica Visium HD, prometendo resolução ao nível de single-cell, será lançada nos próximos meses. Contacte a unidade para mais informações.
Sequenciação de rRNA 16S V4
Este protocolo metagenómico visa a região V4 da região 16S bacteriana (primers 515F-806R) servindo para amplificar a mesma região em bactérias e archaea (Walters et al., 2016). Usando uma abordagem de 280 multiplex e 2x250bp PE MiSeq, entregamos aproximadamente 50.000 leituras por amostra. Outras combinações de primers sob consulta (por exemplo, V4-V5).
Características principais:
Requisitos:
Serviço expresso (V3-V4) e ou ITS (96 amostras).
Contacte a unidade para mais informações.
Oferecemos duas possibilidades: 10x Genomics scRNA-Seq e Flash-seq (a ser implementado)
10x Genomics é a tecnologia mais utilizada para a análise de grandes números de células. A plataforma permite análises de alto débito de vários tipos de células, bem como núcleos de célula. O protocolo baseia-se no encapsulamente células ou núcleos juntamente com esferas de gel em nanogotículas. Diferentes protocolos estão disponíveis: Gene Expression (GEX), scATAC, GEX+ “imune profiling” e multioma (GEX + ATAC). A análise preliminar de dados de célula única é fornecida pelos softwares Cell Ranger e Loupe Cell Browser.
Possibilidades:
Contacte a unidade para mais informações.
O serviço de QC de ácidos nucleicos é baseado em 2 equipamentos: Fragment analyser e TapeStation, ambos da Agilent. O Fragment analyser é mais adequado para um grande número de amostras e a TapeStation para aquisição rápida e pequeno número de amostras ~ 7-8. O Fragment analyser s é mais sensível para baixas quantidades de RNA/DNA, enquanto o TapeStation permite discriminar a qualidade da amostra em RIM (RNA) ou DIM (DNA).
DNA - High Sensitivity NGS
DNA Fragment Concentration Range: 5 pg/uL - 500 pg/uL; DNA Smear Concentration Range: 50 pg/uL - 5000 pg/uL
RNA - High Sensitivity RNA
Quantitative Range (per smear) (Total RNA) 50 pg/uL - 5000 pg/uL; (mRNA) 500 pg/uL - 5000 pg/uL
TapeStation:
DNA - D1000: DNA Sizing Range: 35 bp - 1000 bp
Sample Concentration: 0.1 ng/µL - 50 ng/µL input DNA
DNA - D5000: DNA Sizing Range: 100 bp - 5000 bp
Sample Concentration: 0.1 ng/µL - 50 ng/µL input DNA
DNA - Genomic: Sizing Range: 200 bp - 60000 bp
Sample Concentration: 10 ng/µL - 100 ng/µL input DNA
RNA - High Sensitivity: Sizing Range: 100 bp - 6000 bp
Sample Concentration: 0.5 ng/µL - 10 ng/µL input RNA
PUBLICAÇÕES
Ver artigos científicos aqui.