Genética de Populações e da Conservação
Lounes Chikhi
Os dados genéticos e genómicos são influenciados pela história demográfica das populações. Esta história é o resultado de eventos como colapsos populacionais, expansões ou processos de miscigenação. Também envolve a conexão e desconexão das populações (i.e. variação da estrutura populacional). Tais alterações na estrutura e conetividade populacional, podem ter diversas causas, incluindo alterações climatéricas ao longo de períodos curtos ou longos, ou ainda, atividades humanas no passado recente e longinco.
O grupo de investigação de Genética de Populações e da Conservação, liderado por Lounés Chikhi, está interessado em estudar as consequências genéticas de tais eventos. Estão, portanto, interessados nos métodos utilizados para melhorar a compreensão da história evolutiva recente das espécies e no desenvolvimento de novos métodos ou abordagens, para esse fim. Para este grupo de investigação é também de crucial importância, compreender os limites de uso dos dados genéticos ou genómicos como ferramentas inferenciais.
A pergunta que colocam: de tudo o que escrevem e publicam, quão pode realmente ser considerado História, e quão pode ser considerado sólido? Esta é uma questão pragmática aberta, que este grupo como comunidade resiste a considerar.
A aplicabilidade da investigação é diversa. Estudam a espécie humana (e.g. a transição Neolítica na Europa), e diversas espécies em perigo de extinção (e.g. orangotangos, lémures, golfinhos, primatas Africanos) e colaboram em projetos que envolvem espécies domesticadas (e.g. bovinos, ovelhas).
O trabalho que desenvolvem atualmente, envolve trabalho de campo em Madagáscar, Guiné-Bissau e Portugal, e tipificação genética de espécies em perigo e populações (lémures, roedores endémicos e invasores, macaco vermelho colobus, golfinho roaz), análise de dados e simulações. Também têm uma vertente de trabalho analítico, em colaboração com grupos de investigação de Toulouse (ver abaixo).
Este grupo de investigação também está a avançar na utilização de dados genómicos (RAD-seq e sequenciação completa do genoma). Colaboram com o laboratório Evolution & Diversité Biologique, em Toulouse, onde Lounès Chikhi é investigador sénior (Directeur de Recherche) e com colegas de várias instituições fora e dentro de Portugal. Nomeadamente, Reino Unido (Universidade de Cardiff, Universidade de Bristol), França (IMT - Institut de Mathématiques de Toulouse, INSA - Institut National des Sciences Appliquées de Toulouse, INRA - Institut National de Recherche Agronomique), Madagáscar (Univ. Mahajanga, Antanananarivo, Antsirana), ou Malásia (Danau Girang Field Station).
Projetos
Referência: META_FA_06_2017_017
Call: Open call n.º 6/2017
Programa: Fundo Azul
Tipologia: C) Monitorização e Proteção do Ambiente Marinho
Sub-tipologia: i) Garantia do bom estado ambiental do domínio público marítimo
Prioridade estratégica: a) Contibuição para o conhecimento das águas marinhas nacionais ao nível de todos os descritores da Diretiva Quadro Estratégia Marinha
Promotor: Município de Machico
Parceiros: Fundação Calouste Gulbenkian; Instituto do Mar; Mar Ilimitado, LDA
Total Custos Elegíveis: 172.079,00 € | Custos Financiados: 150.000,00 €
Total Custos Elegíveis (FCG): 23.119,00 € | Custos Financiados (FCG): 20.153,00 €
Data de Início: 2019/12/07 | Data de Fim: 2022/12/06
Objetivos
O objetivo do META é estudar como as ameaças cumulativas antropogénicas afetam as dinâmicas das populações de cetáceos que são usadas como indicadores do status ambiental considerando a sua posição de predador principal, refletindo niveis tróficos mais baixos. Objetivos específicos irão caracterizar e definir a distribuição do tráfego maritímo, da atividade de observação de cetáceos, ruído ambiente e lixo-marinho como potenciais fatores de stress espaço-temporais dos cetáceos.
Saiba mais sobre o projeto
Publicações
- Mazet O, Rodriguez WV, Grusea S, Boitard S, Chikhi L (2016) On the importance of being structured: instantaneous coalescence rates and human evolution – Lessons for inference of ancestral population size? doi:10.1038/hdy.2015.104. Heredity 116:362-371
- Mazet O, Rodriguez VW and Chikhi L (2015) Demographic inference using genetic data from a single individual: separating population size variation from population structure. Theoretical Population Biology 104:46-58
- Parreira, B., Chikhi, L. (2015) On some genetic consequences of social structure, mating systems, dispersal and sampling. Proc. Natl. Acad. Sci, USA 112 (26):E3318-E3326.
- Schwitzer C, Mittermeier RA, Johnson SE, Donati G, Irwin M, Peacock H, Ratsimbazafy J, Razafindramanana J, Louis Jr. EE, Chikhi L, Colquhoun IC, Tinsman J, Dolch R, LaFleur M, Nash S, Patel E, Randrianambinina B, Rasolofoharivelo T, Wright PC. (2014) Averting lemur extinctions amidst Madagascar’s political crisis.. Science 343:842-43
- Rasteiro, R, Chikhi L (2013) Female and male perspectives on the Neolithic transition in Europe: clues from ancient and modern genetic data.. doi:10.1371/journal.pone.0060944. PloS ONE 8(4):e60944
- Quéméré, E., Amelot, X., Pierson, J.,Crouau-Roy, B., Chikhi, L. (2012) Genetic data suggest a natural pre-human origin of open habitats in northern Madagascar and question the deforestation narrative in this region. Proc. Natl. Acad. Sci, USA 109:13028-33
- Rasteiro, R., Bouttier P-A., Sousa, V., Chikhi, L. (2012) Investigating sex-biased migration during the Neolithic transition in Europe. Proc. Roy Soc. B 279:2409-2416
- Chikhi, L., Sousa, V., Luisi, P., Goossens, B., Beaumont, M.A. (2010) The confounding effects of population structure, genetic diversity and the sampling scheme on the detection and quantification of population size changes. Genetics 186:983-995
- Chikhi, L. (2009) Genetic data and story-telling: from Archeogenetics to Astrologenetics? An update to “Clinal variation in the nuclear DNA of Europeans” By Chikhi, L., Destro-Bisol, G., Pascali, V., Baravelli V., Dobosz, M., Barbujani, G. Published in 1998 in Human Biology,. Human Biology 81, (5-6):639-643
- Goossens, B.*, Chikhi, L.*, Ancrenaz, M., Lackman-Ancrenaz, I., Andau, M., Bruford, M.W. *Shared first authorship (2006) Genetic signature of anthropogenic population collapse in orang-utans. PLoS Biology 4(2):285-291
