O grupo de investigação está particularmente interessado em estudar e quantificar o papel que as defesas do sistema imunitário têm no controlo de infeções bacterianas, e na mitigação da crescente resistência a antibióticos por parte dos micro-organismos durante os tratamentos. Combinando a análise matemática com simulações, estão também interessados na dinâmica populacional, processos estocásticos e problemas de inferência de parâmetros oriundos de diferentes áreas transversais da biologia. As descobertas advindas destes modelos matemáticos, podem ter implicações a nível da prática biomédica e na saúde pública. Atualmente, o grupo de investigação colabora com diferentes grupos de investigação em Portugal (IMM Universidade Lisboa) e no estrangeiro: colaborações em França (Universidade de Tours) e nos Estados Unidos da América (Universidade de Tennessee, Universidade de Michigan).

• Gjini, E., Madec, S. (2016)  A slow-fast dynamic decomposition links neutral and non-neutral coexistence in interacting multi-strain pathogens. Theor Ecol-Neth.  10(1) : 129-141
• Gjini, E., Brito, P.H. (2016)  Integrating antimicrobial therapy with host immunity to fight drug-resistant infections: Classical vs. adaptive treatment. PLoS Comput Biol.  12(4) : e100485
• Gavião, M., Dionisio, F., Gjini, E. (2017)  Transmission fitness in co-colonization and the persistence of bacterial pathogens. Bull Math Biol.  79(9) : 2068–2087
• Gjini, E., Gomes, M.G.M. (2016)  Expanding vaccine efficacy estimation with dynamic models fitted to cross-sectional prevalence data post-licensure. Epidemics  14 : 71-82
• Gjini, E., Valente, C., Sa-Leao, R., Gomes, M.G.M. (2016)  How direct competition shapes coexistence and vaccine effects in multi-strain pathogen systems. J Theor Biol.  388 : 50-60
• Pessoa, D., Mendes, C.S.M., Lopes J.S., Gjini, E., Ceña, B., Codeco, C.T., Gomes, M.G.M. (2014)  Unveiling time in dose-response models to infer host susceptibility to pathogens. PLoS Comput Biol.  10(8) : e1003773
• Gjini, E., Haydon, D., Barry, J., Cobbold, C. (2012)  The impact of mutation and gene conversion on the local diversification of antigen genes in African Trypanosomes. Mol Biol Evol.  29 (11) : 3321-3331
• Gjini, E., Haydon, D., Barry, J., Cobbold, C. (2010)  Critical interplay between parasite differentiation, host immunity, and antigenic variation in Trypanosome infections. Am Nat.  176 (4) : 424-439