O primeiro programa doutoral estruturado em Portugal, o Programa Gulbenkian de Doutoramento em Biologia e Medicina (PGDBM) foi lançado em 1993, através da colaboração entre a Fundação Calouste Gulbenkian, a Secretaria de Estado do Ensino Superior, a Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica e posteriormente a Fundação para a Ciência e Tecnologia, a que mais tarde se associou a Fundação Luso Americana para o Desenvolvimento. O Programa foi desenhado como um programa piloto de tempo limitado, destinado a formar cem doutores, e teve a duração de sete anos.

O PGDB foi uma progressão natural do programa PGDBM lançado em 1993, financiado pela Fundação Calouste Gulbenkian (FCG), pelos Ministérios da Educação e da Ciência e Tecnologia e pela Fundação Luso-Americana para o Desenvolvimento (FLAD).  Tal como no PGDBM, o PGDB proporcionava um ano completo de cursos de pós-graduação e rotatividade laboratorial, seguido de três anos de trabalho de investigação orientada, conducente a uma tese de doutoramento a apresentar numa Universidade portuguesa ou estrangeira.

Em 2003 foi lançado o Programa de Doutoramento do Instituto Gulbenkian de Ciência (PDIGC). O objetivo do PDIGC era proporcionar um ambiente de formação em investigação no IGC para que os alunos de doutoramento pudessem desenvolver as competências e conhecimentos para contribuir para a investigação como profissionais. Ao contrário dos alunos dos PGDBM e PGDB que faziam as suas teses fora, os alunos do PDIGC, faziam as suas teses em laboratórios do IGC.

O modelo de programa era idêntico ao PGDBM e PGDB, mas agora com alunos de diversas origens, não só académicas, bem como culturais, sendo que o espirito do coletivo era agora criado dentro do mesmo instituto.

Os alunos do PIBS eram selecionados por um comité de avaliação, de um grande grupo de candidatos de todo o mundo, e com origens muito diversas, não restritas às ciências da vida. Depois de 4 meses de cursos administrados por uma diversidade de professores do IGC e cientistas convidados, os alunos tinham um período de reflexão e escrita de projeto de investigação em conjunto com os orientadores escolhidos.

O Programa de Doutoramento do IGC permite aos alunos o contacto com um vasto leque de diferentes tópicos em ciências biológicas, promovendo o pensamento independente e crítico através de vários exercícios. No primeiro ano os alunos frequentam uma série de cursos, que cobrem tanto os conceitos fundamentais como investigação de ponta em biologia, ministrados por investigadores do IGC e professores convidados, de prestigiadas universidades e institutos de investigação de todo o mundo. No final do primeiro semestre os alunos têm várias semanas para desenvolver uma proposta de investigação para a sua tese, e para encontrar no IGC um investigador que supervisione o seu trabalho de doutoramento.

Programa de quatro anos com o apoio da Siemens Portugal, e da FCT,  com um ano de cursos em tempo integral, workshops e projetos sobre os principais aspetos da biologia computacional do ponto de vista biológico, computacional, matemático, químico e físico, e três anos de formação em investigação num laboratório reconhecido em todo o mundo, incluindo Portugal.

Durante as suas quatro edições mais de 35 médicos altamente motivados foram recrutados. Estes alunos eram estagiários ou especialistas que, como complemento da sua prática clínica, pretendiam adquirir uma sólida formação científica como base para a excelência na investigação médica e na prática clínica. Os alunos receberam cursos de pós-graduação de seis meses por um corpo docente internacional, seguidos de trabalho de tese de doutoramento em instituições nacionais ou internacionais.

0 Programa de Doutoramento Champalimaud de Neurociências, criado em 2007 pela recém-constituída Fundação Champalimaud (FC),  foi iniciado e hospedado no IGC. durante 7 edições foram realizadas ainda no IGC. Em 2010, foi transferido para o novo Centro Champalimaud para o Desconhecido, em Lisboa. Este programa visava treinar os alunos para realizar investigação inovadora e integrativa na base biológica do comportamento.

O PGCD foi um programa inovador que preparou alunos dos diferentes PALOP e de Timor-Leste para seguirem uma carreira científica, particularmente na área das ciências da vida, tornando-os professores de excelência das novas gerações de estudantes africanos e timorenses. Os programas, embora inspirados nos programas de doutoramento do IGC, tinham uma base distinta, recrutando alunos de Angola, Moçambique, Cabo Verde, Guiné-Bissau e S. Tomé e Príncipe, que tiveram aulas em português em Cabo Verde, tendo em paralelo aulas de inglês. O programa deu um contributo importante para a formação de uma nova geração de cientistas timorenses e africanos de expressão portuguesa, dando-lhes a oportunidade de estudar e praticar ciência avançada.