Doutorado em Física Nuclear (Universidade de Oxford) e agregado em Física (Universidade de Lisboa), João Caraça foi diretor da Delegação em França da Fundação Calouste Gulbenkian desde 2012 até 2016. Foi, anteriormente, diretor do Serviço de Ciência, desde 1988 até 2011. Foi membro do Conselho Diretivo do European Institute of Innovation & Technology (EIT), de 2008 a 2012. Integra o Comité de Direção do European Forum on Philanthropy and Research Funding. É, desde 2017, presidente do Conselho Geral da Universidade de Coimbra.
Professor catedrático convidado do Instituto Superior de Economia e Gestão da Universidade de Lisboa, coordenou o mestrado em Economia e Gestão de Ciência, Tecnologia e Inovação (1990-2003), entre outras funções. Foi consultor para a ciência do presidente da República entre 1996 e 2006 e é autor de mais de uma centena e meia de trabalhos científicos.
Como diretor do Serviço de Ciência, coordenou as exposições: «O Engenho e a Arte: Colecção de Instrumentos do Real Gabinete de Física», realizada na Sede da Fundação Calouste Gulbenkian (1997); «Potências de Dez: O Mundo às Várias Escalas» (2002); «À Luz de Einstein: 1905-2005», celebrando as grandes ideias e o legado de Albert Einstein (2005); «Ingenuidades», uma visita conjunta aos 150 anos da engenharia e da fotografia, que teve lugar em Lisboa e em Bruxelas (2007); «A Evolução de Darwin», e como ela traçou o quadro da biologia e do mundo modernos, que se realizou em Lisboa, Madrid, Granada e Porto (2009, 2010, 2011); e supervisionou a exposição «360° Ciência Descoberta» (2013). Como diretor da Delegação em França da Fundação Calouste Gulbenkian, coordenou as exposições: «Les Universalistes: 50 ans d'architecture portugaise », realizada na Cité de l'Architecture et du Patrimoine (2016); e «Amadeo de Souza-Cardoso: 1887-1918», realizada no Grand Palais (2016).