Modelação de Redes
As redes de regulação que controlam os processos celulares estão a ser descobertas, graças aos avanços tecnológicos.
Os modelos matemáticos em conjunto com as abordagens experimentais permitem obter mais informações acerca do funcionamento destas redes complexas e formular hipóteses, como por exemplo na identificação de estratégias adequadas para reforçar determinadas propriedades.
Neste contexto, considerando a complexidade e a dimensão destas redes, o grupo de investigação baseia-se fundamentalmente no enquadramento lógico. Este enquadramento poderá evidenciar as características chave das dinâmicas destas extensas redes, como demonstra o número crescente de modelos publicados.
A sua atividade está organizada de acordo com três vertentes:
– Desenvolvimentos metodológicos para potenciar a análise de grandes redes de interação (propriedades no que toca a atratores, acessibilidade, etc.)
– Implementação de novos métodos sob a forma de ferramentas de software
– Desenvolvimento de modelos para resolver questões biológicas específicas, em estreita colaboração com experimentalistas.
Publicações
- Abou-Jaoudé, W., Traynard, P., Monteiro, P.T., Saez Rodriguez, J., Helikar, T., Thieffry, D., Chaouiya, C. (2016) Logical modeling and dynamical analysis of cellular networks.. Front Genet. 7:00094
- Sánchez, L., Chaouiya, C. (2016) Primary sex determination of placental mammals: a modelling study uncovers dynamical developmental constraints in the formation of Sertoli and granulosa cells.. BMC Syst Biol. 10:37
- Remy, E., Rebouissou, S., Chaouiya, C., Zinovyev, A., Radvanyi, F., Calzone, L. (2015) A modelling approach to explain mutually exclusive and co-occurring genetic alterations in bladder tumorigenesis.. Cancer Res. 75(19):4042-52
- Naldi, A., Monteiro, P.T., Müssel, C., the Consortium for Logical Models and Tools, Kestler, H.A., Thieffry, D., Xenarios, I., Saez-Rodriguez, J., Helikar, T., Chaouiya, C. (2015) Cooperative development of logical modelling standards and tools with CoLoMoTo.. Bioinformatics. 31 (7):1154-9
- Abou-Jaoudé, W., Monteiro, P.T. Naldi, A., Grandclaudon, M., Soumelis, V., Chaouiya, C.,, Thieffry, D. (2015) Model checking to assess T-helper cell plasticity.. Front Bioeng Biotechnol. 2:00086
- Fauré, A., Vreede, B.M.I., Sucena, É., Chaouiya, C. (2014) A discrete model of Drosophila eggshell patterning reveals cell-autonomous and juxtacrine effects. PLoS Comput Biol. 10:e1003527
- Mombach, J.C.M., Bugs, C.A., Chaouiya, C. (2014) Modelling the onset of senescence at the G1/S cell cycle checkpoint.. BMC Genom. 15:S7