Dinâmica Evolutiva
Claudia Bank
No laboratório de Dinâmica Evolutiva, os investigadores utilizam abordagens teóricas e estatísticas de forma a quantificar processos evolutivos. Com projetos que abrangem todos os níveis de organização biológica, abordam questões relativas à adaptação e especiação.
Qual é a forma da paisagem adaptativa?
A paisagem adaptativa é um conceito teórico útil para ilustrar a relação entre genótipos ou fenótipos e “fitness”. Os investigadores deste grupo desenvolvem formas de medir e comparar paisagens adaptativas empíricas e teóricas, de forma a compreender melhor a prevalência da epistasia (i.e., efeito das interações entre mutações na “fitness”) e quantificar a previsibilidade da evolução.
Qual é o papel da epistasia durante a especiação e hibridização?
Quando há um cruzamento entre populações, as interações epistáticas podem resultar em barreiras ao fluxo de genes. O grupo de investigação desenvolve modelos para caraterizar a dinâmica temporal das frequências alélicas dos alelos epistáticos e para quantificar a contribuição da epistasia para o processo de especiação.
Qual é a paisagem adaptativa do número anómalo de centríolos?
Os investigadores do grupo usam os modelos de mutação-seleção, para estudar a evolução de populações de células cancerígenas e quantificar as forças mutagénicas e seletivas que atuam sobre os centríolos (que estão presentes em número excessivo em casos de cancro) ao nível dos diferentes tipos e estágios de cancro. Em colaboração com o laboratório de Mónica Bettencourt-Dias, quantificamos a dinâmica em tempo real da amplificação dos centríolos em populações de células cancerígenas.
Como podem os vírus escapar aos efeitos das drogas mutagénicas?
Com base na teoria de “mutational meltdown”, modelam diferentes mecanismos de adaptação dos vírus a drogas mutagénicas. Com base em dados genómicos temporais, quantificam as probabilidades de resgate evolutivo e avaliam a capacidade de identificar assinaturas de tal adaptação. Em colaboração com o laboratório de Maria João Amorim, realizam evolução experimental de forma a avaliar as hipóteses do modelo.
Publicações
- Bank, C.*, Matuszewski, S.*, Hietpas, R.T., Jensen, J.D.*: equal contribution (2016) On the (un-)predictability of a large intragenic fitness landscape. Proc Natl Acad Sci USA 113:14085-14090
- Matuszewski, S.*, Hildebrandt, M.E.*, Ghenu, A.-H., Jensen, J.D., Bank, C. co-corresponding authors *:equal contribution (2016) A statistical guide to the design of deep mutational scanning experiments. Genetics, in press. Genetics 204:77-87
- Bank, C., Hietpas, R.T., Jensen, J.D., Bolon, D.N.A. (2015) A systematic survey of an intragenic epistatic landscape. Molecular Biology and Evolution 32:229-238
- Bank, C., Hietpas, R.T., Wong, A., Bolon, D.N.A., Jensen, J.D. : co-corresponding authors (2014) A Bayesian MCMC approach to assess the complete distribution of fitness effects of new mutations: uncovering the potential of adaptive walks in challenging environments. Genetics 196:841-852
- Bank, C., Bürger, R., Hermisson, J. (2012) The limits to parapatric speciation: Dobzhansky-Muller incompatibilities in a continent-island model. Genetics 191:845-863