Sebastião Rodrigues iniciou os estudos em 1940 na Escola Industrial do Marquês de Pombal (hoje chamada Escola Secundária Fonseca Benevides), no curso de serralheiro mecânico, do qual desistiu em 1941, começando pouco tempo depois, por influência do pai, a desenvolver pequenos trabalhos gráficos para o jornal A Voz. Em 1945, vai trabalhar para o Atelier de Publicidade Artística (APA), acontecimento que marcou o início da sua carreira profissional. Em 1948, começa a trabalhar no ateliê de Manuel Rodrigues, com quem realizou várias colaborações e executou inúmeros trabalhos para o Secretariado Nacional de Informação (SNI), marcados pelas influências do modernismo português e pelas Comemorações Centenárias de 1940. A partir da década de 50, começa a exercer o ofício de forma mais intensa, associando-se a projetos como a Comptoir Suisse, em Lausanne (1957), ou a Exposição Universal de Bruxelas (1958), e em 1959 ganha uma bolsa da Fundação Calouste Gulbenkian que lhe permite viajar durante meio ano pelo norte do país para recolher material gráfico. Esta e outras viagens contribuíram para a consolidação da estética do seu trabalho, com a harmonização de material proveniente das raízes da cultura popular portuguesa e da herança gráfica deixada por Victor Palla.
Terá sido apenas no final da década de 50 e inícios da década de 60 que iniciou a fase mais marcante e da qual se ocupou durante mais tempo: a criação gráfica do livro. Sebastião Rodrigues participou na produção gráfica da revista mensal Almanaque, da qual eram editores José Cardoso Pires e Fernando Magalhães, tendo desenvolvido um trabalho inovador que combinava a tipografia e a ilustração. Começa então a afirmar-se como designer independente, realizando folhetos, desdobráveis e cartazes, e mantendo colaborações com outras editoras, como a Europa-América, a Minerva e a Verbo.
Na Fundação Calouste Gulbenkian, onde trabalhou durante as décadas de 60, 70 e 80, desempenhou um papel importantíssimo enquanto responsável por inúmeros projetos gráficos, como cartazes, desdobráveis, livros e catálogos de exposições (marcados pela simplicidade e clareza dos layouts), dos quais beneficiaram os Serviços de Belas-Artes, do Museu, de Música e de Educação.
A última obra gráfica que realizou, e uma das mais importantes, foi a reedição do livro O Papel-Moeda em Portugal (Lisboa: Banco de Portugal, 1985), encomendada para as comemorações do 135.º aniversário da criação do Banco de Portugal, que demorou cerca de cinco anos a dar como concluída.