Manuel Baptista nasceu em Faro em 1936. Em 1962 concluiu o curso complementar de Pintura na Escola de Belas-Artes de Lisboa, onde chegou a lecionar. Foram estas duas cidades que Manuel Baptista escolheu para viver e trabalhar, com intervalos noutros lugares, eleitos como complemento à sua formação artística. Entre 1962 e 1963, vive em Paris como bolseiro da Fundação Calouste Gulbenkian e em 1968 em Ravena, como bolseiro da Alta Cultura. A partir de 1977, desloca-se regularmente a Lippstadte e Schmallenberg, na Alemanha, onde trabalha e realiza tapeçarias para a fábrica Folke, estabelecendo relações com galerias e colecionadores.

O seu percurso expositivo inicia-se em 1956 e desenvolve-se com regularidade, ao longo de muitas décadas, em Portugal mas também no estrangeiro. Esteve presente em mostras históricas fundamentais como a II Exposição de Artes Plásticas da Fundação Calouste Gulbenkian, em 1961, e a Bienal de São Paulo em 1973. Foi também nesta cidade que realizou uma importante exposição individual, no Museu de Arte de São Paulo, em 1981. Ainda nos anos de 1980 deve assinalar-se uma exposição individual no Kunstverein, em Kassel.

Vários prémios reconheceram a singularidade da sua obra e uma persistente capacidade de atualização: Guérin, 1968; Soquil, 1970; Arus, 1982; Bienal de Cerveira, 1984; Banif, 1993. Mais recentemente, em 2012, Manuel Baptista recebeu o Prémio Autores, atribuído pela Sociedade Portuguesa de Autores (SPA), à exposição apresentada no Museu da Eletricidade (atual MAAT) da Fundação EDP, onde foram revelados e produzidos importante projetos de escultura e instalação, dos anos de 1960 e 1970, o que permitiu uma revisão critica do seu trabalho na sua relação com um imaginário Pop, assim como a criação de um novo ponto de vista sobre as suas obras mais icónicas.

O seu trabalho desenvolveu-se numa linha flexível, tensa e articulada entre o abstrato e o figurativo, a paisagem e o ornamento, a organicidade da linha e a geometria dos volumes, num diálogo subtil entre referências eruditas e objetos do quotidiano. A sua obra é plural e multifacetada, difícil de classificar, mas imediatamente reconhecível nas áreas de pintura, desenho, escultura e instalações. O seu espectro de intervenção cultural também é vasto: Manuel Baptista, colaborou com os poetas da «Poesia 61», sendo autor da apresentação gráfica dos cadernos publicados.

O artista está representado nas principais coleções museológicas nacionais. O Centro de Arte Moderna da Fundação Calouste Gulbenkian integra um significativo conjunto de obras da sua autoria, que incluem pinturas, baixos-relevos, desenhos, gravuras e ainda cadernos de estudo. Estas obras têm sido apresentadas regularmente nas exposições da Coleção do CAM.

Foi ainda como artista que Manuel Baptista assumiu, na década de 1990, a direção das galerias municipais, Trem e Arco, em Faro. A exigente programação que desenvolveu nesses anos, ajustando os valores históricos aos emergentes, alinhando artistas consagrados e jovens em início de carreira, sinalizou e colocou no mapa artístico nacional uma experiência antecipadora, pedagógica e participativa, revelando um artista-programador culto e generoso, que nos deixa um imenso legado para trabalhar e refletir.