Atualmente, existem cerca de 180 coleções especiais, cuja particularidade e relevância temática as torna importantes na investigação e pesquisa no âmbito da cultura e da arte portuguesas. Este núcleo inclui espólios de alguns artistas e arquitetos portugueses e arquivos constituídos por espécies fotográficas. Algumas destas coleções estão a ser objeto de tratamento documental e de ações de conservação e preservação, encontrando-se temporariamente indisponíveis para consulta.

A pesquisa sobre o conteúdo destas coleções pode ser feita através do catálogo da Biblioteca, nas opções Coleções Especiais e Coleções Digitalizadas.