Maria Isabel Coutinho licenciou-se em História na Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa e frequentou o curso de Conservador de Museus, Palácios e Edifícios e Monumentos Nacionais no Instituto Português do Património Cultural, que concluiu com a classificação de 17 valores.
Em 1969, colaborou na transferência da Coleção do Fundador de Oeiras para Lisboa, e na instalação do novo Museu e suas reservas. Em 1975, integrou o grupo de funcionários da Fundação Calouste Gulbenkian (FCG) que fez face a uma tentativa de invasão do Museu pelo Comando Operacional do Continente (COPCON).
No Museu Calouste Gulbenkian, desempenhou um papel fundamental no âmbito da conservação do mobiliário e ourivesaria, tendo começado em 1966 como tarefeira. Em 1967, passou a correspondente de línguas estrangeiras, tendo iniciado a função de conservadora apenas em 1983, tornando-se conservadora principal no ano 2002.
Durante a época em que trabalhou na FCG, foi autora de várias publicações relacionadas com a Coleção do Museu, como Medalhas do Renascimento: Colecção Calouste Gulbenkian (1979), Mobiliário Francês do século XVIII (1999), Guia do Museu Calouste Gulbenkian (2004) e A Colecção Gulbenkian na Época do Coleccionador: A Residência da Av. d'Iéna em Paris (2007), assim como de muitos textos integrados em diversos catálogos de exposição. Escreveu também várias comunicações para congressos e colóquios sobre medalhística, ourivesaria, artes decorativas e conservação.
Esteve igualmente envolvida em trabalhos de comissariado de exposições organizadas pelo Museu Calouste Gulbenkian, como «Portugal e a Pérsia» (1973), «Exposição Evocativa de Calouste Gulbenkian. XX Aniversário da Fundação: 1956-1976» (1976) e «Philippe e Marcel Wolfers: Da Arte Nova à Arte Déco» (1991); e também colaborou com outras instituições, tanto em Portugal, na XVII Exposição Europeia de Arte Ciência e Cultura (1983), como no estrangeiro, com «Art Nouveau Jewellery by René Lalique» (1985-1986) e «Only the Best: Masterpieces of the Calouste Gulbenkian Museum, Lisbon» (1999-2000). Ainda no âmbito da Coleção, desenvolveu alguns projetos autónomos e de investigação sobre diversos assuntos: estampas japonesas, René Lalique, mobiliário e ourivesaria franceses, porcelana de Sèvres, relógios, e ainda sobre a formação da Coleção.