Todos os anos, no final do verão ou início do outono, é realizada no Jardim Gulbenkian uma oficina de anilhagem científica. A anilhagem científica de aves é uma técnica utilizada em ornitologia e consiste na aplicação de uma anilha numerada e exclusiva na pata de uma ave. Permite estudar aspetos da biologia, da ecologia, do comportamento e dos movimentos das aves selvagens.

O objetivo mais emblemático da anilhagem reside, porém, na sua importância para o conhecimento das migrações: anilhar aves num dado local e recapturá-las posteriormente num outro permitirá conhecer as suas áreas de origem e de destino. Ao longo dos últimos quatro anos, já foram anilhados neste jardim chapins, estrelinhas, melros, toutinegras, gaios, entre outros.

A atividade realiza-se no exterior, por isso os participantes devem trazer vestuário e calçado adequados. No caso de condições atmosféricas adversas, esta atividade pode ser cancelada.