Johanna Winkel afirmou-se inicialmente no domínio da Música Antiga. Desde então, tem vindo a expandir consistentemente o seu âmbito estilístico, incluindo os repertórios romântico e moderno. Em concerto, cantou com os agrupamentos musicAeterna, sob a direção de Teodor Currentzis, Orquestra Beethoven de Bona e Christof Prick, Sinfónica da Rádio Sueca e Peter Dijkstra, Sinfónica WDR de Colónia e Simon Halsey e Orquestra do Konzerthaus de Berlim e Iván Fischer e colaborou também com os maestros Trevor Pinnock, Václav Luks, Jeffrey Tade, Frieder Bernius, Sylvain Cambreling, Alexander Liebreich, Howard Arman e Hans-Christoph Rademann, entre muitos outros.
Johanna Winkel apresenta-se com regularidade nos palcos de ópera. Depois de, durante os seus estudos, ter interpretado os papéis de Mimì (La bohème), Donna Elvira (Don Giovanni) e Micaëla (Carmen), acrescentaria ao seu repertório Alcina (Händel), Rosalinde (O Morcego), Agathe (Der Freischütz) e Leonore (Fidelio), que interpretou em importantes teatros de ópera na Alemanha. Em 2017 estreou-se no Festival de Salzburgo como Gerhilde (A Valquíria), sob a direção de Christian Thielemann, tendo subsequentemente voltado a este papel wagneriano com a Filarmónica de Hong-Kong e Jaap van Zweden e também na Semperoper Dresden. Desde 2016, o papel de Leonore tornou-se numa das suas atuações mais elogiadas. Voltou a interpretá-lo em 2018 no Festival Styriarte, com o maestro Andrés Orozco-Estrada, e em 2020, com a Orquestra Barroca de Wrocław e Jos van Immerseel.
Como solista, Johanna Winkel participou em muitas gravações premiadas, incluindo: Die letzten Dinge, de Louis Spohr, com a Bremen Kammerphilharmonie; Moisés e Aarão de Schönberg, com a Sinfónica SWR; obras de Mendelssohn, com o Coro da Rádio da Baviera; e a Sinfonia Lírica de Zemlinsky, com a Sinfónica da Rádio Nacional Polaca.