Depois de concluir os seus estudos na Bélgica e em Londres, Sophie Junker venceu a London Handel Competition (2010) e o Concurso Cesti do Festival de Música Antiga de Innsbruck (2012). Desde então, colaborou com relevantes maestros com Harry Bicket, Laurence Cummings, Christian Curnyn, Masaaki Suzuki ou Stefano Montanari.
Estabeleceu uma relação especial com a Opéra Royal de Wallonie (Elisetta, em Il Matrimonio segreto de Cimarosa; Wanda, em La Grande-duchesse de Gérolstein de Offenbach; papel principal em Cendrillon de Pauline Viardot) e a Angers-Nantes Opéra (Amour, em Orfeo ed Euridice de Gluck; Constance, em Dialogues des carmélites de Poulenc). Ainda neste domínio, estreou-se nos E.U.A. em 2016, tendo interpretado Cleis, em Sapho de Martini, e Hélène, em Une éducation manquée de Chabrier, na Ópera Lafayette, em Nova Iorque e em Washington. Outros papéis incluíram: Cai, em Ottone in Villa de Vivaldi, no Festival de Ópera de Copenhaga; Proserpine/Euridice, em La Déscente d’Orphée aux enfers de Charpentier, no Wigmore Hall e em Haia; e Belinda, em Dido e Eneias de Purcell, no Festival de Música Antiga de Innsbruck.
Mais recentemente, interpretou Cunegunda, em Gismondo de L. Vinci (Viena, Moscovo, Dortmund e Bayreuth), Venere, em La divisione del mondo de Legrenzi (Estrasburgo, Mulhouse, Colmar, Nancy, Versalhes e Colónia), e Eurilla, em Il Pastor Fido de Händel (Gliwice e Festival Händel de Halle). Estreou-se na Staatsoper Berlin no papel de Drusilla (L’Incoronazione di Poppea), sob a direção de Diego Fasolis. No Rokokotheater Schwetzingen, na Alemanha, cantou também o papel principal em Die Getreue Alceste de Schürmann, com Christina Pluhar. Outros brilhantes desempenhos incluem: Angelica, em Orlando Furioso de Vivaldi (La Seine Musicale); Clori, em Egisto de Cavalli (Ópera Real de Versalhes) e Asteria, em Tamerlano de Händel (Sala Tchaikovsky, Moscovo). Em 2022 estreou-se no papel de Cleópatra, em Giulio Cesare de Händel, sob a direção de George Petrou (Reisopera e Festival Händel de Göttingen).
Entre outras grandes obras de concerto, Sophie Junker cantou a Paixão segundo São João de J. S. Bach, com o Collegium 1704 (Paris, Praga, Dresden e Dortmund), A Criação de Haydn, com a Orquestra Nacional Russa, Les Grands Motets de Lully, com o Namur Chamber Choir e Leonardo García Alarcón, e o Requiem de Fauré, no Concertgebouw de Amesterdão.
Sophie Junker colaborou em gravações de ópera e repertório sacro para as editoras Harmonia Mundi, Accent, Naxos, BIS e Parnassus Arts Productions. Em 2020, o seu primeiro álbum a solo, La Francesina, foi lançado pela editora Aparté. Esta edição recebeu um International Classical Music Award e o Trophée Forum-Opéra.