Rui Pinheiro foi durante oito anos (2015-2022) Maestro Titular da Orquestra Clássica do Sul (agora Orquestra do Algarve) e, reavivou durante três edições (2017 a 2019) o Festival Internacional de Música do Algarve, do qual foi Diretor Artístico. Ganhou o concurso para Maestro Associado da Orquestra Sinfónica de Bournemouth, no Reino Unido, cargo que ocupou durante duas temporadas (2010-2012). Anteriormente, tinha já sido Maestro da Orquestra do Conservatório Nacional de Lisboa (2005-2008) e, em Londres, Diretor Musical do Ensemble Serse, companhia de ópera barroca em instrumentos de época, e fundador do Ensemble Disquiet, agrupamento dedicado à divulgação da música contemporânea portuguesa (2008-2010).

É regularmente convidado a dirigir as principais orquestra nacionais (Orquestra Sinfónica Portuguesa, Orquestra Nacional do Porto, Orquestra Gulbenkian, Filarmonia das Beiras, Orquestra do Norte, Orquestra Clássica da Madeira, entre outras). Tem uma relação de estreita colaboração com o Grupo de Música Contemporânea de Lisboa e é membro fundador da AREPO – Ópera e Artes Contemporâneas, onde foi responsável pela direção musical de várias óperas de câmara de Luís Soldado em estreia mundial. Nesses anos adquiriu uma larga experiência enquanto maestro e construiu um vasto repertório que se estende do período Barroco à música moderna (com várias estreias e obras dedicadas), abrangendo desde grupos de câmara até formações sinfónicas, com várias incursões na ópera, no ballet e no teatro.

Rui Pinheiro tem sido convidado a ministrar masterclasses de direção de orquestra, mais recentemente no Centro Superior Katarina Gurska (Madrid) e no Conservatório Superior de Música de Aragão (Saragoça).

Depois de concluir a Licenciatura em Piano (ESMAE), a pós-graduação em Piano e Música de Câmara (Academia Ferenc Liszt de Budapeste) e o Mestrado em Artes Musicais (Universidade Nova de Lisboa), obteve o grau de Mestre em Direção de Orquestra (Master of Music) do Royal College of Music, em Londres.

Atualmente, vive em Lisboa com a sua esposa Daniela e com os seus gatos Olívia e Joly.