Rui Fernandes é natural de Lanhelas, no concelho de Caminha. Iniciou os seus estudos musicais aos oito anos de idade na Banda Musical Lanhelense. Estudou posteriormente com José Borges na Escola Profissional de Musica de Viana do Castelo. Aos 18 anos prosseguiu os seus estudos na Escola Superior de Música de Lisboa com Ismael Santos e aos 23 anos ingressou no Royal Northern College of Music, em Manchester, onde estudou com Chris Houlding. Ao longo do seu período de formação, frequentou também cursos de aperfeiçoamento com os mais prestigiados trombonistas mundiais, tais como, Josep Alessi, Ian Bousfield, Don lucas, Gusztav Hona, ou David Bruchez, entre outros.

Rui Fernandes tem colaborado com vários agrupamentos de música de câmara e apresentou-se a solo com a Orquestra de Câmara de Cascais e Oeiras no Festival de Musica do Estoril. Colaborou com as principais orquestras portuguesas, incluindo a Orquestra Sinfónica do Porto, a Orquestra Sinfónica Portuguesa e a Orquestra Metropolitana de Lisboa, tendo tocado com prestigiados maestros e solistas. Como professor, lecionou trombone nos Conservatórios de Alhandra e Minde. De 2008 a 2010, foi trombonista do Remix Ensemble Casa da Música. É 2.º trombone solista da Orquestra Gulbenkian desde 2010. Atualmente é também membro do grupo de trombones e tubas Wild Bones Gang.