Marco Pereira estudou violoncelo na Escola Profissional de Música de Viana do Castelo e na Academia Nacional Superior de Orquestra, em Lisboa, com Paulo Gaio Lima. Frequentou posteriormente a Escuela Superior de Música Reina Sofia, em Madrid, onde foi aluno de Natalia Shakovskaya. Durante este percurso teve a oportunidade de trabalhar com outros grandes mestres do violoncelo como Natalia Gutman, Gary Hoffman, Phillipe Muller, ou Ivan Monighetti.

O quarteto de cordas esteve sempre presente na sua carreira, desde muito cedo, atingindo o seu auge com a fundação do Quarteto de Cordas de Matosinhos. Este quarteto foi selecionado como ECHO Rising Stars 2015.

Em 2003, Marco Pereira venceu o concurso da Juventude Musical Portuguesa, nas categorias de Música de Câmara e Violoncelo – nível superior, e recebeu o prémio Maestro Silva Pereira do Prémio Jovens Músicos. A nível internacional, foi-lhe atribuído um 1.º prémio no concurso Liezen International Wettbewerb für Violoncello, na Áustria. Recebeu também o 1.º premio no VI Certamen de Música de Cámara del Sardinero, em Santander, em 2006.

Marco Pereira é 1.º Solista no naipe de violoncelos da Orquestra Gulbenkian. Apresenta-se regularmente como solista de concerto, tendo colaborado com a Orquestra Metropolitana de Lisboa, a Joensuu Orchestra (Finlândia) e a Orquestra do Atlantic Music Festival (E.U.A.), entre outras. Foi professor de violoncelo na Universidade de Aveiro e na Universidade do Minho. Desde 2011, é D’Addario Bowed Artist e Faculty Artist do Atlantic Music Festival – Watterville (E.U.A.).