Juanjo Mena é um dos mais reconhecidos maestros espanhóis da atualidade. É Maestro Principal do Festival de Maio de Cincinnati e Maestro Associado da Orquestra Nacional de Espanha. Foi Maestro Titular da BBC Philharmonic, Maestro Convidado Principal da Orquestra Filarmónica de Bergen e do Teatro Carlo Felice de Génova e Maestro Titular e Diretor Artístico da Orquestra Sinfónica de Bilbau. Tem colaborado com muitas das mais prestigiadas orquestras europeias, incluindo a Orquestra Nacional de França, as Filarmónicas de Berlim, Londres, Roterdão, Oslo e Dresden, a Filarmónica do Teatro alla Scala de Milão ou as Sinfónicas da Rádio da Baviera, da Rádio Sueca e Nacional Dinamarquesa. Dirigiu a Orquestra Gulbenkian em abril de 2018. É um convidado frequente das principais orquestras espanholas, bem como de muitas das mais importantes orquestras norte-americanas, tais como, as Sinfónicas de Chicago, Baltimore, Cincinnati, Montreal, Pittsburgh e Toronto, as Filarmónicas de Nova Iorque e Los Angeles e as Orquestras de Cleveland, Minnesota, Filadélfia e Washington. Dirigiu também a Sinfónica de Boston na sua temporada de concertos e em Tanglewood. À frente da BBC Philharmonic, apresentou-se anualmente nos BBC Proms, em Londres, e liderou a esta orquestra em digressões na Europa, na China e na Coreia do Sul.

No domínio da ópera, Juanjo Mena dirigiu O Navio Fantasma (Wagner), Salome, Elektra e Ariadne auf Naxos (R. Strauss), O Castelo do Barba Azul (Bartók), Erwartung (Schönberg), Eugene Onegin (Tchaikovsky), As bodas de Figaro (Mozart) e Billy Budd (Britten).

A discografia de Juanjo Mena com a BBC Philharmonic é extensa, incluindo registos de obras de Alberto Ginastera, Isaac Albéniz, Manuel de Falla, Gabriel Pierné, Xavier Montsalvatge, Carl Maria von Weber e Joaquín Turina, todos muito bem recebidos pela crítica musical especializada. Gravou também a Sinfonia Turangalîla de Messiaen, com a Orquestra Filarmónica de Bergen. Em 2016, Juanjo Mena foi galardoado com o Prémio Nacional de Música, na modalidade de interpretação.