Nascido em Milão, Giovanni Antonini estudou na Civica Scuola di Musica Claudio Abbado, em Milão, e no Centre de Musique Ancienne, em Genebra. É membro fundador do agrupamento Il Giardino Armonico, que dirige desde 1989 e com o qual se apresenta também como solista de flauta de bisel e de flauta transversal, tendo atuado na Europa, nos EUA, no Canadá, na América do Sul, na Austrália, no Japão e na Malásia. É o Diretor Artístico do festival Wratislavia Cantans, na Polónia, e Maestro Convidado Principal da Mozarteum Orchester e da Kammerorchester Basel.

Giovanni Antonini colaborou com muitos artistas de topo como Cecilia Bartoli, Kristian Bezuidenhout, Giuliano Carmignola, Isabelle Faust, Sol Gabetta, Sumi Jo, Viktoria Mullova, Katia e Marielle Labèque, Emmanuel Pahud e Giovanni Sollima. Reconhecido pelas suas interpretações refinadas e inovadoras dos repertórios barroco e clássico, é também um convidado regular da Filarmónica de Berlim, da Orquestra do Real Concertgebouw de Amesterdão, da Orquestra do Tonhalle de Zurique, da Mozarteum Orchester, da Orquestra do Gewandhaus de Leipzig, da Sinfónica de Londres ou da Sinfónica de Chicago.

As suas produções de ópera incluíram Giulio Cesare in Egitto de Händel e Norma de Bellini, com Cecilia Bartoli, no Festival de Salzburgo. Em 2018 dirigiu Orlando, de Händel, no Theater an der Wien, e regressou à Ópera de Zurique para dirigir Idomeneo de Mozart. Em 2019 dirigiu Guilio Cesare no Scala de Milão, tendo regressado em 2021 para dirigir Così fan tutte. Também regressou ao Theater an der Wien em 2021 com Rappresentatione di Anima, et di Corpo de Cavalieri. Na presente temporada dirige a Sinfónica de Bamberg (A Criação de J. Haydn), a Deutsches Symfonie-Orchester Berlin (Werther de Pugnani), a Filarmónica Checa e a Sinfónica de Chicago.

Com Il Giardino Armonico gravou, para a Teldec, vários CDs de música instrumental de Vivaldi, J. S. Bach (Concertos Brandeburgueses), Biber e Locke. Para a Naïve, gravou a ópera Ottone in Villa de Vivaldi, e para a Decca dois volumes com Julia Lezhneva. Para a etiqueta Alpha Classics (Outhere Music Group) gravou também vários álbuns, incluindo “La Morte della Ragione”, explorando o seu interesse pela música instrumental renascentista. Com a Kammerorchester Basel gravou as Sinfonias de Beethoven (Sony Classical) e um disco de concertos para flauta, com Emmanuel Pahud, intitulado “Revolution” (Warner Classics).

Giovanni Antonini é o Diretor Artístico do projeto Haydn2032, criado para concretizar a gravação e interpretação integrais das Sinfonias de Joseph Haydn, com Il Giardino Armonico e a Kammerorchester Basel, assinalando os 300 anos do nascimento do compositor. Os primeiros doze volumes foram já disponibilizados pela Alpha Classics, estando previsto o lançamento sucessivo de dois volumes em cada ano.