Mariana Flores nasceu na Argentina. Estudou canto na Universidade de Cuyo e, mais tarde, aperfeiçoou-se com Rosa Domínguez na Schola Cantorum Basiliensis, na Suíça.
Especialista do repertório barroco, colaborou com artistas e agrupamentos de renome internacional neste domínio. Para além dos concertos e gravações com Leonardo García Alarcón e a Orquestra Cappella Mediterranea, trabalhou com J. E. Gardiner, C. Pluhar, V. Dumestre, T. Currentzis, G. Garrido, M. Form, M. Kraemer, M. Gester ou A. Stoehr.
Desde a sua digressão com a Australian Brandenburg Orchestra, em 2015, atuou nos mais importantes palcos e festivais de música barroca. Em 2016 participou em duas óperas de Sebastían Duron, tendo-se então estreado no Teatro de la Zarzuela de Madrid. No mesmo ano, apresentou-se no Palais Garnier, em Paris, na ópera Eliogabalo de Cavalli.
Outros destaques da sua carreira incluem: Alinda, em Il Giasone de Cavalli, na Ópera de Genebra e em Versalhes (2017); Tétis, na estreia moderna de El Prometeo, de Draghi, na Ópera de Dijon (2018); Deidamia, em La Finta Pazza de Sacrati (2019, em Dijon, Genebra e Versalhes. O CD Teatro dei Sensi, dedicado a Cavalli, lançado no outono de 2015, foi merecedor dos prémios Choc de l’année da Revista Classica e Diapason d’or.
Em 2016, gravou com Alarcón e a Cappella Mediterranea o CD Monteverdi: i 7 Peccati Capitali, nomeado para os Victoires de la musique. Mais recentemente, gravou De vez en Cuando la Vida, Joan Manuel Serrat y el siglo de oro.