É presidente do Conselho de Administração da Fundação Calouste Gulbenkian desde maio de 2017. Foi membro do Conselho de Administração da Fundação Calouste Gulbenkian entre 1999 e 2017.
É presidente do Conselho de Supervisão da Partex Holding BV e do Conselho de Administração da Maison du Portugal, em Paris. É membro não executivo do Conselho de Administração do Banco Santander Totta desde julho de 2015.
Licenciada em Finanças pela Universidade de Lisboa (1973), foi assistente no Instituto Superior de Economia e Gestão de 1973 a 1975. Foi subdiretora no Gabinete para a Cooperação Económica Externa do Ministério das Finanças de 1978 a 1986 e, posteriormente, conselheira na Representação Permanente de Portugal junto da União Europeia, em Bruxelas, em 1986.
De 1987 a 1995, Isabel Mota foi secretária de Estado do Planeamento e do Desenvolvimento Regional nos XI e XII Governos Constitucionais, responsável pelas negociações com a União Europeia dos Fundos Estruturais e de Coesão para Portugal.
Foi administradora do Instituto para a Formação de Executivos da Universidade Nova de Lisboa e, em 2004, coordenou a elaboração da Estratégia Nacional de Desenvolvimento Sustentável.
Isabel Mota foi membro do júri do Prémio Jacques Delors, do Prémio PME Inovação COTEC-BPI e do Prémio Carreira da Universidade Católica de Lisboa (até 2014).
É, desde 2011, vogal do Conselho das Ordens Honoríficas Portuguesas.
Foi agraciada com a Medalha de Serviços Distintos, Grau Ouro, do Ministério da Saúde, tendo sido igualmente distinguida com os graus de Grande-Oficial e Grã-Cruz da Ordem do Infante D. Henrique.